Antisipasi praktek pengatrolan nilai rapor ini menjadi persoalan serius. Ketua panitia pusat SNM PTN 2013 Akhmaloka di Jakarta mengatakan, ada peningkatan tren kasus pengatronal nilai rapor. Pada saat SNM PTN 2011 jumlah kasus pengatrolan nilai rapor berjumlah sebelas kasus. Selanjutnya pada SNM PTN 2012 lalu, meningkat dua kali lipat menjadi sekitar 23 kasus.
Pria yang juga rektor Institut Teknologi Bandung (ITB) itu mengatakan, para siswa juga harus memelototi rekaman rapor mereka di data base pendaftaran SNM PTN 2013. \"Kalau merasa nilainya rendah tetapi di situ (data base, red) tinggi, silahkan lapor,\" kata dia.
Akhmaloka mengatakan, siswa yang rapornya dikatrol sekolah akan mengalami kerugian besar. Sebab kelulusan mereka dalam SNM PTN 2013 bisa dibatalkan. Sebagai gantinya, mereka masuk PTN melalui seleksi bersama mandiri (SBM PTN) yang dijalankan dengan ujian tulis atau seleksi mandiri internal kampus.
Sekertaris umum pantia pusat SNM PTN 2013 Rohmat Wahab mengatakan, sanksi pengatrolan nilai rapor ini tidak hanya ditimpakan ke siswa. \"Tetapi juga ke sekolah,\" ujar rektor Universitas Negeri Yogyakarta (UNY) itu.
Dia mengatakan jika ada sekolah yang terbukti sah mengatrol nilai rapor atau kecurangan lainnya, akan di-blacklist. Sekolah yang di-blacklist karena curang dalam SNM PTN 2013 ini, otomatis tidak bisa mendaftarkan siswanya di SNM PTN 2014 nanti. \"Ini hukuman serius bagi sekolah. Karena bisa merugikan seluruh siswa kelas III mereka yang ingin mendaftar SNM PTN 2014 nanti,\" paparnya.
Rohmat menuturkan ada perbedaan mencolok antara pendaftaran SNM PTN 2013 dengan seleksi serupa tahun lalu. Rohmat mengatakan, siswa yang boleh mendaftar SNM PTN 2013 jika sekolahnya telah mengenteri data mereka di server PDSS SNM PTN 2013. Data per 31 Januari pukul 14.42 WIB, jumlah sekolah yang telah meng-entry data di PDSS SNM PTN 2013 mencapai 11.695 unit.
Jumlah itu terbilang masih kecil, karena jumlah seluruh sekolah tingkat SMA/sederajat di Indonesia mencapai 27.630 unit. Panitia mengakui kelemahan utama sistem baru SNM PTN ini ada di urusan sosialisasi.